يتكوّن المركز من ثلاث هيئات
- مكتب الإدارة والعلاقات العامة : يعني بمتابعة النشاط الإداري للمركز و إدارة الموارد البشرية فضلا عن العلاقات العامة( السلط-المحيط-العلاقات الخارجية).
- قسم الأبحاث والشؤون العلمية والثقافية : يعني ببرمجة الأنشطة العلمية و الثقافية للمركز و متابعة تنفيذها. كما يسهر على إحكام تنظيم الندوات العلمية و المؤتمرات و نشر أعمالها
- قسم المحاسبة والشؤون المالية : يعني بإعداد ميزانية المركز تنفيذها وفق القوانين التونسية و معايير الحوسبة المعتمدة.
